La investigación es uno de los procesos misionales de la Universidad de Córdoba, que se encuentra articulado a la función docente y ha sido planeado cuidadosamente para dar cumplimiento a lo expresado en la misión, visión y en el Proyecto Educativo Institucional (PEI),  teniendo en cuenta para ello las políticas que para este fin, se encuentran definidas en documentos institucionales.  La investigación en la  Universidad de Córdoba, se encuentra organizada por programas y líneas de investigación institucionales. Estas líneas de investigación son concebidas como el agrupamiento sistemático de proyectos de investigación alrededor de una misma dirección y secuencia temática, que orientan la formulación y desarrollo de los programas de investigación.

En el Programa de Bacteriología se promueve y desarrolla la cultura investigativa en sus docentes y estudiantes, teniendo en cuenta las políticas institucionales en materia de investigación establecidas en el Estatuto de Investigación y Extensión de la Universidad de Córdoba (Anexo 10) y lo señalado en el capítulo V: Proyecto de Investigación y/o Extensión de la Resolución No. 007 de 2008 por la cual se reglamentan las modalidades de Trabajo de Grado en los Programas de pregrado de la Universidad de Córdoba (Anexo 9). Estas políticas institucionales se encuentran a su vez, acorde con las políticas nacionales en materia de investigación, lideradas por el Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación (COLCIENCIAS).

En el Programa de Bacteriología la investigación es promovida a partir de la Investigación formativa y en sentido estricto, mediante la aplicación de las siguientes estrategias:

• En la estructura curricular del programa se ha establecido una relación entre las líneas de investigación, con las cursos del plan de estudio, las cuales se agrupan formando programas temáticos integrados a los campos de acción, desarrollados en las cursos obligatorios y electivas del programa.

• En el plan de estudios, también se han incorporado cursos electivos de carrera y de profundización, fundamentados en las líneas de investigación de los componentes del programa. El componente investigativo, se desarrolla de manera transversal en el plan de estudios y es soportado en las líneas de investigación definidas en el Programa de Bacteriologia.